Низшую группу (иногда ее разделяют на несколько классов) входит около тысячи видов с нечленистым, одноклеточным мицелием. Иногда гифы у низших грибов не образуются, а возникает плазмодий - разрастание цитоплазмы с многими ядрами. Диплоидное состояние только в зиготе, вся жизнь проходит в гаплофазе.

Всем известный представитель этой группы - мукор - образует белую плесень на конском навозе и пищевых продуктах. При встрече гиф разного знака их концы сливаются и образуется зигота (стадия диплофазы). Из зиготы вырастает длинный спорангиеносец с бурым шаровидным спорангием на конце. В этом спорангии образуется до 10 тысяч (начало гаплофазы), которые разносятся ветром и, попав в благоприятные условия, образуют новый мицелий.

Другие низшие грибы не безвредны. Один из опаснейших вредителей картофеля и томатов - фитофтора. Она поражает ботву и клубни картофеля, отчего они чернеют и отмирают. В дождливое лето происходит массовое развитие зооспор, которые проникают в почву и заражают клубни, отчего урожай погибает.

Столь же опасен другой грибок - синхитриум, возбудитель рака картофеля. Клубни при этом покрываются бугристыми разрастаниями и содержат мало крахмала.

Не менее известен ольпидий капустный, "черная ножка" капусты. Уже у капустной рассады он вызывает почернение корня, затем чернота расползается по стеблю и растение погибает.

Зигомице́ты (лат. Zygomycota) — отдел грибов, объединяющий 10 порядков, 27 семейств, около 170 родов и более 1000 видов. Отличаются развитым ценоцитным мицелием непостоянной толщины, в котором септы образуются только для отделения репродуктивных органов.

Зооспорангии Batrachochytrium dendrobatidis на пресноводном рачке (a) и на водоросли (b)

Хитридиомицеты (лат. Chytridiomycota) — отдел царства грибов (Fungi). Объединяет более 120 родов и около 1000 видов. Мицелий слаборазвит, основная масса таллома представляет собой т.н. плазменное тело, из которого вырастают ризоидные гифы.

Хитридиомицеты тесно связаны с водной средой, где паразитируют на водорослях и беспозвоночных. Могут вызывать массовую гибель водных организмов вплоть до амфибий. Могут развиваться во влажных почвах и вызывать болезни высших растений: чёрную ножку капусты (Olpidium brassicae), рак картофеля (Synchytrium endobioticum) и др., однако не так опасны как оомицеты. Меньшее количество хитридиомицетов сапротрофы.

Вышие. Эта группа делится на несколько классов. Класс Сумчатые грибы (около 25 тысяч видов) назван так потому, что половой процесс у его представителей завершается в особом мешкообразном органе - аске (сумке). Именно там кончается диплофаза и образуются гаплоидные споры. Сумки могут возникать прямо на мицелии. У вторично упрощенных дрожжевых грибков клетки просто сливаются и зигота образует сумку с четырьмя гаплоидными спорами. У других сумки развиваются в особых плодовых телах.

Среди сумчатых грибов известны опасные паразиты. Таковы мучнеросные - возбудители мучнистой росы многих растений. Мучнистый налет на пораженных стеблях и листьях образуют конидии - споры, возникающие на концах гиф.

Паразит ржи, реже других злаков, спорынья образует в пораженных колосьях склероции ("рожки") - черные плотные сплетения гиф. Они содержат сильный яд эрготин, вызывающий резкое сокращение гладких мышц.

К сумчатым грибам относится и род Penicillium. Его плесень часто можно обнаружить на залежавшемся хлебе и овощах. Она сначала белая, потом приобретает голубой и зеленоватый оттенок. В эту же группу входят сморчки и строчки. Их плодовые тела, появляющиеся ранней весной, съедобны и вкусны.

Базидиомико́та (лат. Basidiomycota), базидиомице́ты, или базидиа́льные грибы́ — отдел царства грибов, включающий виды, производящие споры в булавовидных структурах, именуемых базидии. Мицелий базидиомицетов септирован, каждая клетка содержит по два гаплоидных ядра. Обычно ядра расположены рядом посередине клетки, их пара носит название дикарион. Возле септы у гифов базидиомицетов формируется пряжка, участвующая при делении клетки. Пряжка — тонкий вырост из одной клетки гриба, подходящий, но не сливающийся с другой соседней клеткой. При делении клетки ядра синхронно удваиваются и пряжка позволяет оказаться в одной клетке ядрам, сформировавшимся из разных исходных.

Дейтеромицеты (лат. Deuteromycota), или Несовершенные грибы (лат. Fungi imperfecti) нетаксономическая группа грибов, ранее считавшаяся отделом. Их тело состоит из расчленённых прозрачных или окрашенных многоклеточных гиф и иногда из почкующихся клеток. Размножаются исключительно бесполым путём, при котором образование конидий происходит на изолированных или расположенных группами конидиеносцах или специальных образованиях, называемых пикнидами.

К дейтеромицетам относятся три порядка: Sphaeropsidales, Melanconiales и Hyphomycetales (Moniliales), представители которых широко распространены в почве.

В 2000-х годах несколько таксонов зиго- и хитридиомицетов были выделены в самостоятельные отделы:

Blastocladiomycota - Бластокладиевые (лат. Blastocladiales) порядок грибов, принадлежащий монотипному классу Blastocladiomycetes Doweld 2001 монотипного отдела Blastocladiomycota T.Y. James 2007. К бластокладиевым относят 5 семейств, 14 родов и 179 видов.

Ранее бластокладиевых относили к хитридиомицетам, в 2006 году, по результатам молекулярно-филогенетического анализа, их выделили в самостоятельный отдел.

Glomeromycota - Гломеромице́ты (Glomeromycota) — отдел грибов с единственным классом Glomeromycetes. В классе описано около 200 видов. Представители гломеромицетов образуют арбускулярную микоризу с наземными растениями, в том числе с некоторыми мохообразными.

Neocallimastigomycota - Неокаллимастиговые (лат. Neocallimastigales) — порядок анаэробных грибов, относящийся к монотипному классу Neocallimastigomycetes монотипного отдела Neocallimastigomycota. Содержит, в свою очередь, единственное семейство — Neocallimastigaceae, с шестью родами. Эти грибки встречаются в основном в пищеварительной системе травоядных млекопитающих. У неокаллимастиговых нет митохондрий, в замен этого они используют гидрогеносомы для окисления NADH в NAD+, и выделяют водород H2.

Ещё один отдел, перенесённый в царство грибов, ранее относили к простейшим (Protozoa):

Microspora - Микроспоридии (лат. Microsporidia) — отдел спорообразующих одноклеточных паразитических грибов. Ранее считался типом царства простешйих (Protozoa). Описано более 1300 видов и около 170 родов. Представители являются паразитами животных. Большинство видов поражают насекомых, но они также являются возбудителями обычных заболеваний у ракообразных и рыб. Обычно эти грибки поражают отдельный вид или группу родственных видов. Некоторые виды также являются паразитами человека, они относятся к условно-патогенным.

Данные группы объединяют клеточная стенка из хитина, строение внутриклеточных структур и другое.